肝肿瘤的分期在临床上是有一定的分期标准，相关专家认为将肝肿瘤进行分期的实用性在于帮助选择治疗方案，而严格的TNM分期在手术后方能建立，其实用性较差。TNM分期中只将肿瘤大小定为<2cm与>2cm，事实上一个直径3cm的肝肿瘤与一个直径>10cm的肝肿瘤预后绝不相同，这已为我国大量的临床实践所证实。
所以对我国的肝肿瘤进行临床分期似乎应以符合我国国情而又大致能与国际标准相合为好。将直径<2cm的肝肿瘤单列为Ⅰa期的意见可取，因为其预后、特别是手术切除后的后果更好于2～5cm直径的肝肿瘤，而且单列为Ⅰa期亦正与TNM分期之Ⅰ期相吻合。同理，将远处转移单列为Ⅲb期亦与TNM分期之ⅣB期相吻合。
是否应将肝功能分级另列？此问题的提出是基于有的肿瘤很小，无血管侵犯亦无转移，而肝功能不良应如何划分的难点。主张另列者认为尽管此类病人肝功能不良但其肝肿瘤仍应属于早期。不主张另列者则认为合并肝硬化是肝肿瘤有别于其它肿瘤的特点。肝功能的情况制约了治疗方案的选择，与预后关系甚大。发生在肝功能严重不良的基础上，即使是很小的肝肿瘤，治疗乏策、预后不良，仍应属晚期之列。究竟应如何处理，中国抗肿瘤协会肝肿瘤专业委员希望各地专家提出意见，共同制定一个合乎国情而又能大致与国际接轨，实用性与可操作性皆强的我国肝肿瘤分期标准。
