任何肿瘤都有害于健康，但危害程度不同，医学家据此将肿瘤区分为良性肿瘤和恶性肿瘤两大类。
良性肿瘤的瘤细胞在形态和功能上接近于相应组织的正常细胞。肿瘤多呈缓慢、膨胀性生长，压迫周围的正常组织，可以形成包膜，所以分界清楚。肿瘤在局部生长，产生压迫和阻塞等症状，但瘤细胞不会从原发部位脱落、转移到其他部位而形成新的转移瘤。因此，良性肿瘤大多数可被完全切除而不复发，能完全治愈，对人体危害较小。
恶性肿瘤瘤细胞的结构和功能与相应正常细胞有较大的差异，形态怪异，功能减弱、增强或丧失。肿瘤生长的速度快，常侵入周围的正常组织，分界不清。瘤细胞很容易从瘤体上脱落下来，通过淋巴管、血管或其他腔道运行到他处形成新的转移瘤。恶性肿瘤除了引起压迫和阻塞症状外， 还可能合并出血、坏死，发热等。不少恶性肿瘤患者，尤其在疾病晚期可极度消瘦称为恶病质。由于恶性肿瘤呈浸润性生长，难以完全切除，术后容易复发，而且肿瘤常常转移到局部淋巴结或向全身播散，难以彻底治愈，最终往往可导致患者死亡。
值得注意的是，良性肿瘤与恶性肿瘤之间有时并无绝对界限，有些肿瘤的表现可介于两者之间，称之为交界性肿瘤。例如膀胱的乳头状瘤具有良性细胞形态，但容易复发，甚至转变成恶性肿瘤。良性肿瘤如血管瘤多无包膜，界限不清，切除后容易复发。良性肿瘤发生在某些重要器官也可引起严重后果，例如颅内良性肿瘤(脑膜瘤、星形胶质细胞瘤)可压迫脑组织，阻塞脑室系统，导致极大的危害;又如发生在心脏的间皮瘤，仅数毫米大小，但可引起心律紊乱而导致患者猝死。恶性肿瘤也并非预后皆差，如皮肤基底细胞肿瘤生长缓慢，几乎不发生转移，经治疗后能完全治愈。肿瘤的良恶性也并非一成不变，有些良性肿瘤如不及时治疗，可转变为恶性肿瘤，例如卵巢肿瘤可恶变为卵巢肿瘤。偶尔，恶性肿瘤也可转变为良性肿瘤，例如儿童的一种恶性肿瘤神经母细胞瘤可转变为良性的节细胞神经瘤。
